Die Blüten wachsen an einem zwei bis fünf Zentimeter langen Stiel, sind meist weiß, es gibt jedoch auch sehr viele grünliche und auch violette Blüten (z.B. bei C. pubescens). Je nach Art treten eine bis zehn Blüten pro Blattachsel auf. Der Kelch der Blüte ist glockenförmig, die Kelchblätter sind teilweise nach vorne zugespitzt, zum Teil aber auch abgerundet. Der Fruchtknoten ist unterständig. Die Blüten öffnen sich morgens, wobei die Narbe sofort befruchtet werden kann, die Staubgefäße geben erst nach einigen Tagen ihren Pollen ab. Aufgrund dieser Eigenschaft kommt es unter Paprika oft zu Kreuzbefruchtungen und damit zu einer hohen Variabilität unter den Pflanzen. Bis auf die Wildformen C. buforum und C. cardenasii sind die Blüten zwittrig und selbstbestäubend. Die Bestäubung erfolgt vorwiegend durch Insekten, doch gerade bei Zimmerhaltung und im Gewächshaus reicht oftmals Wind oder vorsichtiges Schütteln der Pflanze, um die Blüten zu bestäuben. Die höchste Befruchtungsrate der Blüten stellt sich bei einer Temperatur von 16 bis 32° C ein. Die Blütenbildung hat ihr Optimum bei einer Temperatur von 16 bis 21° C. Auf Nachttemperaturen über 24° C reagiert die Pflanze mit Blütenabwurf, ab Nachttemperaturen von 32° C wird zudem die frühe Fruchtentwicklung gehemmt. Auch nach Fruchtansatz entwickeln sich neue Blüten, so dass an einer Pflanze verschiedene Stufen der Fruchtbildung beobachtet werden können. Die Zahl der Blüten nimmt jedoch ab, wenn sich bereits reifende Früchte an der Pflanze befinden. Unter idealen Temperaturbedingungen können ganzjährig Blüten gebildet werden, der Einfluss der Tageslänge auf die Fruchtbildung ist hingegen relativ gering.